肠易激综合征的治疗主要是对症服药，对于腹痛的患者主要用解痉药，临床上运用得最多的是匹维溴铵，可以缓解平滑肌的痉挛，降低内脏的高敏性，对腹痛有一定的疗效。匹维溴铵是专门作用于胃肠道的平滑肌，所以相对而言副作用比较少。
对于腹泻为主要临床症状的患者，可以止泻药，用洛哌丁胺、地芬诺酯，但是不适合长期运用。对于轻症患者，用蒙脱石散改善症状。对于便秘为主要临床表现的患者，可以用清泻药，包括聚乙二醇、乳果糖等，可以用促动力药，缓解便秘的症状。对于焦虑的患者，抗焦虑药的运用，可能才有效的缓解症状。除此以外肠道的微生脉制剂，比如双歧杆菌、乳酸杆菌等，纠正肠道菌群的失衡，对于腹泻、腹胀有一定的疗效。