新生儿脑膜炎主要是由新生儿感染所引起，因为新生儿机体免疫力低下，所生存的环境如果卫生不干净，很容易引起新生儿肺炎、脐炎或者是经过皮肤屏障，导致新生儿发生败血症，这些感染都可能导致新生儿发生脑膜炎。
新生儿脑膜炎的病因往往和新生儿某局部感染、全身感染有关系，最常见的是新生儿败血症，如早发性的败血症是因为妈妈有链球菌感染，或者是有绒毛膜羊膜炎引起新生儿在宫内就可能发生颅内感染。晚发性败血症，如新生儿出生七天后，如果有接触呼吸道感染的病人、有皮肤脓疱等感染，都可能引起新生儿脑膜炎。