生殖器疱疹的治疗要包括以下几个目的：1、防止感染；2、缩短疾病的过程，包括原发感染的并发症的频率，如无菌性脑膜炎和尿潴留；3、防止潜伏的发展和初发生殖器感染后的临床复发；4、防止已潜伏的疾病患者的随后的疾病复发；5、减少疾病的传播；6、根除已有的潜伏感染。
常用的药物包括核苷类似物，如无环鸟苷、伐昔洛韦以及喷昔洛韦等药物，其他的药物还有耐无环鸟苷的治疗可选用磷甲酸钠、西多福韦、三氟胸苷、干扰素、聚肌胞、异丁苯丙酸，免疫治疗目前也有用于生殖器疱疹的治疗，但是目前效果并不是特别理想。