尿道炎的治疗强调早期诊断、早期治疗、正规合理用药、追踪性伴侣同时检查治疗，减少耐药菌株的产生，治疗后密切随访，注意同时有无沙眼衣原体、支原体或其他感染。
一般治疗包括多饮水、禁食辛辣饮食和酒，治愈期间禁止性生活，污染的内衣裤、被褥、浴巾应消毒，并同家人用具分开。目前针对急性的淋菌性尿道炎，推荐方案为头孢曲松125mg单次肌注，头孢克肟400mg单次顿服，氧氟沙星400mg单次顿服或左氧氟沙星500mg单次顿服。如果考虑到慢性非淋菌性的尿道炎，则应用氧氟沙星300mg共用7天，而左氧氟沙星500mg共用7天。