牙周脓肿是由需氧菌和厌氧菌混合感染所导致，因此临床上可以用广谱抗生素来消炎，可以选择一代、二代头孢，四环素、红霉素和甲硝唑配伍使用。在服用抗生素的同时，牙周脓肿需要局部治疗，临床上用双氧水和生理盐水反复冲洗牙周袋，并且用碘甘油或者盐酸米诺环素局部上药。
如果脓肿已经形成，需要切开排脓，同时可以用替硝唑漱口水含漱。牙面上的牙石、软垢和牙菌斑是牙周脓肿的致病因子，因此除了用药外，还需要采用超声洁治、牙周刮治等方法来祛除这些致病因子，牙周炎症才能彻底的康复。牙周脓肿的患者要特别注意日常口腔卫生的维护，认真刷牙、漱口，定期口腔检查，一般每半年到一年就需要洗一次牙。