肠镜和胃镜其实这两个检查是有不同之处，肠镜要肠道准备，肠道准备之后从肛门插管，然后逆行到达回盲部或者回肠末端，在这个过程中很多病人可能没有特别不舒服的感觉，但是还是会有一部分病人在拐弯的过程中，进镜身会顶到肠道上去，会有非常明显的牵扯，从而导致疼痛的感觉。
另外，还有在充气之后病人会有腹胀，腹胀之后胃肠道也会出现痉挛也会引起疼痛，所以肠镜的痛苦更多的是在进入不畅的时候有疼痛以及明显的腹胀之后有腹痛的情况。胃镜的痛苦更多的是进到咽喉部，而刺激的恶心状态或者在胃里充分充气的时候，也会有腹胀的感觉，它们的感觉不一样，肠镜更多的是疼和胀，而胃镜更多的是恶心。