卵巢囊肿的临床症状与卵巢囊肿位于哪一侧没有绝对关系，卵巢囊肿的临床表现与囊肿的性质有关，临床大多数常见的卵巢囊肿是卵巢生理性囊肿，卵巢生理性囊肿大多数没有临床症状，往往是在体检时发现。
一般在月经的后半期体检时，发现卵巢附件区有无回声区，这种情况一般建议2-3个月月经周期后，再进行复查。在月经后做超声检查时，如果卵巢囊肿减小或者消失，就认为是卵巢生理性囊肿，它是没有临床症状的，而卵巢子宫内膜异位囊肿，也就是卵巢巧克力囊肿。
卵巢子宫内膜异位囊肿一般会出现有继发性、进行性的痛经，有些女性还可能会导致不孕症的发生，而卵巢的炎性囊肿则是由于盆腔炎症所导致，盆腔炎往往表现为发烧、下腹部疼痛。
因此如果出现有持续的、反复的发烧和下腹痛，一定要进行妇科检查和超声检查，判断是否有盆腔炎性肿物的存在。