怀孕40天腰痛不舒服，可能是因为腰肌劳损、腰部骨质增生、腰椎峡部裂、腰椎间盘突出等疾病，也可能是怀孕初期胚胎着床发育、先兆流产等引起腰疼不舒服，还有就是过于劳累，比如长期久坐、久站。
注意观察有无下肢放射性疼痛，或者是阴道有无异常分泌物等有助于辅助判断。如果阴道没有明显的异常分泌物，可以适当的卧床休息，腰部的地方可以轻微的按摩、热敷、理疗，怀孕尽量避免使用药物。
如果是属于肌肉劳损或者是过于劳累引起，经过休息治疗2-3天可以明显的改善，如果是伴随阴道异常的分泌物，需要及时去产科检查，比如完善彩超以及孕激素等检查。