根据不同的发病原因，可以将食物中毒分为五种类型，有细菌性的食物中毒、真菌类的食物中毒、植物性的食物中毒、动物性的食物中毒、化学性的食物中毒。
细菌性的食物中毒主要是大肠杆菌、葡萄球菌等细菌引起，真菌性的主要见于毒蘑菇、霉变的甘蔗，以及被黄曲霉污染了的食物等。导致植物性食物中毒，常见的有发芽的土豆、坏了的红薯以及未烧熟的四季豆等。
动物性的常见有河豚以及有毒的贝类、含组胺的鱼类等引起的中毒，化学性的则见于食用被农药，像有机磷以及含砷制剂的化学物质污染的食物引起的中毒。