高级别乳头状尿路上皮癌原则上应该进行手术治疗。对于肾盂高级别树乳头样尿路上皮癌，应该行肾输尿管全长切除手术。对于输尿管的高级别乳头状尿路上皮癌，也应该行肾输尿管全长切除手术以及膀胱部分切除。
如果是膀胱的高级别乳头状尿路上皮癌，应该行膀胱全切手术，做代膀胱。也可以选择经尿道膀胱肿瘤电切，电切手术后及时给予膀胱灌注化疗，定期复查，观察肿瘤是否有复发。如果再次复发，建议行膀胱全切手术。