引起肝源性腹泻的原因有很多，根据不同的原因应采取不同的治疗方法。
如果是肝硬化门静脉压较往常是升高状态，可以引起肠道水肿，从而降低消化能力，此时应该在解除肠道水肿的情况下，配合补充使用白蛋白和利尿剂，同时也可以使用消食片促进消化。
如果是肝部疾病导致消化道水肿所造成的消化能力降低，则应降低肠道蠕动次数，并且控制肠道内部炎症。如果是因胆汁分泌不足导致的肝源性腹泻，则应针对胆汁分泌进行治疗，临床常用消炎利胆片。
如果肝是肝硬化，会使迷走神经兴奋，容易使肠道加快蠕动，可使用山莨菪碱。如果是慢性感染性肝病所致的肝源性腹泻，则针对炎症、感染等进行治疗，可使用抗生素。