扁平疣是一种病毒性疾病，病毒复制能力特别强，虽然扁平疣限于体表部位，但是想根治也很不容易。目前治疗扁平疣，用单一的治疗方法不容易根治，一般采取综合治疗的方法，口服或者注射免疫调节剂。
扁平疣的得病大多因为机体抵抗力下降、皮肤有伤口导致，所以先调节免疫力。应用药物有转移因子、胸腺肽等，中药也有很好的效果，如人参、五味子、土茯苓、黄芪等都有很好的调节免疫作用。
对于扁平疣比较多的，可以用自体移植疗法，方法为消毒患处疣体，刮取两三个，在胳膊三角肌处种植，几天后大部分会发生反应，疣体比原来增多，随后几天所有疣体脱落。