沙眼的并发症有以下几项：
一、睑内翻倒睫，因睑板肥厚和瘢痕收缩使睑缘内翻，多发生于上睑，睫毛刺向眼球，使角膜混浊，甚至溃疡。
二、上睑下垂，睑结膜与睑板被细胞浸润、增生、肥厚，加上末端肌肉受细胞浸润，使提上睑肌的作用降低。
三、睑球粘连，穹窿部因结膜瘢痕收缩而缩短，以下穹窿为多见，甚至穹窿部完全消失。
四、角膜混浊，重症的角膜血管翳常遗留角膜混浊。
五、实质性结膜干燥症，由于结膜广泛结瘢，使杯状细胞和副泪腺分泌功能受到破坏。
同时，泪腺的排泄管因结膜瘢痕而闭塞，结膜囊内无粘液、泪液，导致干眼的发生。