电子肛肠镜包括电子肛门镜和电子结肠镜，在操作的过程当中，一般不会有太多的痛苦。电子肛门镜如果操作规范，一般的情况下没有明显痛苦。操作前要尽量的与患者进行沟通，操作间要温暖舒适、隐私性好外，肛门周围要充分的润滑、操作动作要轻柔，要沿着肛管直直肠的解剖结构走行。除非有一些严重的肛裂以及肛周脓肿等疾病，可能会有疼痛，其他的常见疾病，如痔疮、肛乳头瘤等，一般不会有疼痛。
而电子结肠镜在操作过程当中，由于需要在腹腔内注入气体，会有一些胀痛，如果疼痛敏感的人疼痛会比较明显。如果有明显的其他疾病，比如说溃疡性的结肠炎，在操作过程当中也可能会引起疼痛，而要避免疼痛，一个是操作要规范，另外现在也可以有无痛的电子结肠镜检查，配合麻醉疼痛就不会再出现了。