肝囊肿患者甲胎蛋白一般正常，当彩超、CT诊断为肝囊肿时，如果没有乙肝、丙肝等相关病史，一般不会进行甲胎蛋白检查。甲胎蛋白是临床上常用的一种肿瘤标志物，我国主要用于筛查是否存在肝癌。当然，肝癌并不一定会引起甲胎蛋白升高，甲胎蛋白增高也不一定只限于肝癌，活动性肝病、生殖胚胎肿瘤都可以引起甲胎蛋白升高，不过相比于原发性肝癌，其它引起甲胎蛋白升高的程度并不是很高。
患者甲胎蛋白超过400μg/L以上，应当高度怀疑是否存在肝癌，应当进一步行影像学检查，特别是进行增强CT、增强磁共振，进一步明确是否存在肝癌。另外，甲胎蛋白还可以作为术后随访的一种指标，当肝癌切除手术、介入手术以后，甲胎蛋白出现下降，说明治疗效果良好，如果在随访的过程中，甲胎蛋白出现了持续性、缓慢性增高，应当警惕肝癌复发的可能。