溃疡性结肠炎的治疗目的是控制病情的活动，维持其缓解以及防止并发症。一般治疗主要是要强调休息、饮食和营养，对活动期的患者应有充分的休息，以减少精神和体力的负担，并要给予流质饮食，病情缓解之后可以改为富营养的少渣饮食。对于部分患者发病可能与牛奶过敏或者不耐受有关，应该注意要限制乳制品的摄入。对于重症和爆发性的患者应该住院治疗，及时纠正水电解质平衡紊乱，以及输血和蛋白等治疗。
常见的药物治疗包括有氨基水杨酸制剂，常见的有柳氮磺吡啶、美沙拉嗪等等，这是治疗本病的常用的药物。该药口服后，大部分可以到达结肠，经肠道菌群分解为5-氨基水杨酸，在肠上皮接触发挥抗炎的作用。对于急性发作期可以选择糖皮质激素来进行治疗，控制急性炎症。对于激素治疗效果不佳，或者是对激素依赖的患者，可以采取免疫抑制剂进行治疗。如果并发大出血、肠穿孔，重症患者特别是合并有中毒性巨结肠经内科，及治疗没有明显的效果者，可以采取手术治疗的方式。