血栓闭塞性脉管炎的治疗，最重要的是去除病因，也就是吸烟。吸烟是95%以上血栓闭塞性脉管炎的诱因，所以戒烟是所有治疗中最重要的，如果不戒烟其他任何治疗都将无效。
在戒烟后病人可应用改善循环的药物，以及扩血管的药物，如前列地尔或贝前列素钠片等，同时可以应用抗血小板的药物，也可以应用抗凝药。
在这些药物的综合作用下，病情会缓慢缓解，通过建立足够的侧支，可以使得症状逐渐减轻或消失，但对于已经发生肢体坏死的情况，可能需要截趾或截肢手术。