胃肠镜检查是胃肠道检查最普遍、最直接、最准确的检查方法，目前胃肠镜检查的应用非常的广泛，主要是检查胃肠道黏膜是否发生病变，病变的性质是良性还是恶性，可以在发现病变以后进行活检，进一步证实病变的性质，也可以在胃镜或者肠镜底下做进一步的治疗。
除了能看黏膜病变，胃肠镜还可以看黏膜下是否有肿物生长。如果有肿物生长，就可以看到黏膜会隆起，会被肿物顶起来，可以通过胃肠镜带着超声去看黏膜下肿物的性质、侵犯的范围、是良性还是恶性。除了这上面的这些可以看黏膜的病变、黏膜下的病变，还可以用来评估胃肠的功能，通过胃肠镜可以看到有没有胆汁反流、有没有排空的障碍、有没有看到结肠的冗长、有没有看到潴留等，可以用来评估胃肠的一些功能。肠镜还可以看到一些解剖学异常，比如在贲门区域，可以看到有没有食管裂孔疝，食管、胃、肠子有没有憩室等。
所以胃肠镜检查的功能很强大，随着胃肠镜技术的提高，能做的医生越来越多、仪器越来越好、清晰度越来越高，而且舒适度越来越高，因为现在无痛胃镜和无痛肠镜的开展也非常普遍，胃肠镜可以用来筛查肿瘤，也可以作为体检项目来使用。