先天性免疫缺陷克罗恩病治疗，如果在急性活动期，通过一些药物控制病情，同时缓解以后一定要不能停药，继续使用药物，减量后维持治疗。如果出现了一些并发症，比如水电解质平衡紊乱、贫血，可以对症的补充电解质，必要时输血。
如果出现完全性的肠梗阻、肠瘘的形成，建议及时手术治疗。同时一定要调整生活习惯，必须戒烟、戒酒，保持清淡的饮食，避免吃一些辛辣、刺激等食物。本病虽然可以经过治疗后好转或者自行缓解，但是病情迁延不愈，反复发作，总体来说预后比较差。