亚急性甲状腺炎临床上采用激素治疗，常用药物是泼尼松口服，两周后减量，一般维持治疗两周，大部分病人1-2个月皆治愈，所以总的疗程1-2个月。治疗期间注意复查甲状腺功能，必要时可以口服甲状腺素片，也可以配合中药治疗。由于本病主要是病毒感染引起，多继发于上呼吸道感染，所以治疗期间及治愈后都要预防上呼吸道感染，个别病人治愈后会复发。