线粒体脑肌病的治疗主要以药物治疗以及支持治疗等方式为主。除了跟患儿进行对症治疗之外，康复训练也是患儿治疗的关键，康复训练包括有氧耐力训练。线粒体脑疾病发病率越早，其症状越多，预后越差，一旦确诊孩子为线粒体脑肌病，需要及时按上述治疗方案给孩子进行对症性的治疗，治疗越早其治疗的效果相对越好。但目前线粒体脑肌病的药物治疗没有非常有效的药物。