先天性肌无力综合征常见的治疗方式包括药物治疗和呼吸管理，需根据病情选择合适的药物进行治疗，常用药物有胆碱酯酶抑制剂、长效乙酰胆碱受体阻滞剂。
一、药物治疗
1、胆碱酯酶抑制剂：麻黄碱、沙丁胺醇等，可以延长乙酰胆碱在突触间隙内的作用时间，改善肌无力症状。慢通道综合征和胆碱酯酶缺乏症这两种亚型会因胆碱酯酶抑制剂的应用而加重，需禁止应用胆碱酯酶抑制剂。
2、长效乙酰胆碱受体阻滞剂：奎尼丁，可显著改善慢通道综合征病人的病情。
二、手术治疗
此病一般无需进行手术治疗。
三、其他治疗
呼吸管理：所有亚型的先天性肌无力综合征都可能发生通气不足问题，及时的无创通气、辅助呼吸，可改善患者预后效果。