先天性肛门闭锁只能通过手术治疗，通过将闭锁肛门内的直肠做一个造瘘，缓解肠道内的内容物没有排泄的情况，一般选择乙状结肠造瘘。
先天性肛门闭锁是一种先天性的疾病，即小孩的肛门没有开放，呈闭锁状态，早期会出现肠梗阻，由于肠内容物无法排出，会导致比较严重的肠梗阻，早期危及患儿的生命，所以先天性的肛门闭锁一定要及时、早期治疗，一生下来就需要及时考虑手术治疗。
目前我国的医疗条件，在一些小的综合医院无法完成此类手术，如果发现先天性的肛门闭锁，建议急诊到正规的、比较大的三级甲等专科或综合医院进行治疗。