低位肛瘘是指创腔或瘘管管道位于肛门外括约肌深层下方的肛瘘，可能是由于肛周脓肿、直肠肛门损伤、肛裂反复感染、会阴部手术、结核病、溃疡性大肠炎等原因引起，主要可以分为低位单纯性肛瘘、低位复杂性肛瘘两种类型。
1、低位单纯性肛瘘：仅有一个瘘管，瘘管位于外括约肌深部以下，瘘口在肛窦附近；
2、低位复杂性肛瘘：有多个瘘口和瘘管，瘘口在肛窦部位。