肠结核治疗一般九个月以上可以达到痊愈，如果治疗过程中出现耐药，需要调整用药，可能要延长治疗的疗程。肠结核治疗也要早期用药、联合用药、适当用药以及规律用药，一般预后良好。肠结核可能会出现肠出血、肠穿孔以及腹膜炎等并发症，所以肠结核治疗的目的不仅要消除症状，改善全身中毒症状，促进病灶的愈合，也要防止并发症，还有是防止治疗过程中出现耐药以及复发的可能。
肠结核治疗的过程中，患者也要注意卧床休息，进食易消化、少刺激性的食物，腹泻者要进食少渣饮食，补充维生素，特别是水溶性维生素，对于有肠瘘等严重并发症的要给予静脉高营养。对于腹痛者可以给予胆碱类的止痛药物，要注意补充水电解质，防止酸碱失衡。对于发生不完全肠梗阻的患者要给予胃肠减压，对于出现急性穿孔或者肠出血等并发症的患者，必要的时候要进行手术治疗。