颌骨囊肿可根据组织来源分为以下两类：
1、牙源性颌骨囊肿：由成牙组织、牙的上皮或上皮剩余演变而来。
（1）根尖周囊肿：由于根尖肉芽肿慢性炎症的刺激引起的，如果根尖肉芽肿在拔牙后未做适当处理，仍残留在颌骨内则容易引起囊肿。
（2）始基囊肿：发生于成釉器发育的早期，牙釉质和牙本质形成之前，在炎症和损伤刺激后出现病变。
（3）含牙囊肿：发生于牙冠或牙根形成之后，临床表现比较典型。
（4）牙龈性角化囊肿：来源于原始的牙胚或牙板残余。
2、非牙源性颌骨囊肿：由胚胎时期的残余上皮所致的囊肿和由损伤所致的血外渗液囊肿以及动脉瘤样骨囊肿。
（1）球上颌囊肿：发生于上颌侧切牙与尖牙之间，牙常被排挤而移位。
（2）鼻腭囊肿：位于切牙管内或附近。
（3）正中囊肿：位于切牙孔之后，腭中缝的任何部位。
（4）鼻唇囊肿：位于上唇底和鼻前庭内。