慢性扁桃体炎通常症状不明显，患者会感觉咽部有异物感，有轻微的不适感，主要危害在于可能导致耳鼻咽喉局部或者全身的并发症，影响患者的健康和生活质量。
主要的并发症有部分慢性扁桃体炎的患者会合并中耳炎、鼻窦炎或者比较严重的咽炎，慢性扁桃体炎的全身并发症多于各个靶器官对链球菌所产生的Ⅲ型变态反应有关，可引起风湿热、肾炎、关节炎等。
所以患者应该加强体育锻炼，增强体质和抗病能力。如果发现心脏、肾和关节出现异常，发现疾病与扁桃体炎发作比较密切时，建议切除扁桃体腺，可以达到根治慢性扁桃体炎的目的。