恩替卡韦作为抗乙肝病毒治疗的一线药物，使用率很高而且应用时间比较长，所以对其不良反应都很重视。最常见的不良反应首先是头痛、眩晕以及疲劳，有的可以出现恶心、食欲下降等。
但是上述不良反应在临床上发生率都很低，所以应用都比较安全。此外应用恩替卡韦应该值得注意的是，禁止用于妊娠期妇女及哺乳期的妇女，因为其没有大样本的临床实验，所以不建议应用。如果妊娠期需要应用抗乙肝病毒治疗，建议可以用替诺福韦酯代替恩替卡韦口服。