脑栓塞溶栓治疗的时间窗是前循环，就是大脑颈内动脉系统，包括了大脑中动脉、前动脉的分支，是3个小时。后循环是椎基底动脉系统，是4.5小时。只有在这个时间窗内到达医院诊断清楚了，用上药是可以进行溶栓治疗的。
在治疗时间窗内使用上阿替普酶，可以有效地溶解血栓。另外，可以减少出血的风险。如果超过了治疗时间窗，可能引发的出血风险就高了。脑栓塞是一个非常急的疾病，一定在最短的时间内到达可以溶栓的医院进行溶栓治疗，这是唯一能够打通血管的治疗手段。