肠穿孔的症状主要是突然发生的腹部持续性的剧烈疼痛，假如是十二指肠溃疡的穿孔，它往往发生的部位是在上腹部。如果是其他部位的穿孔，可以在原发病灶处最明显，腹痛可以迅速扩展至全腹，在深呼吸、咳嗽或者转体时疼痛会加剧。
另外，还可以出现反射性的恶心、呕吐，主要是因为腹膜受刺激所导致的，呕吐物为胃内容物。当穿孔以后，可引起急性弥漫性的腹膜炎。急性弥漫性的腹膜炎可以出现急性的危重面容，腹部可以出现压痛、反跳痛、肌紧张等典型腹膜炎的三联症。