跖疣的治疗，主要分为物理治疗、药物治疗和手术治疗这三个方面。物理治疗中，液氮的冷冻是临床上用得最多的。对跖疣来讲，因为比较深在，所以做冷冻可能需要多次连续的治疗效果才好。
居家患者可以用腐蚀性药物治疗，比如含有乳酸制剂、水杨酸制剂来治疗跖疣。在医院的药物治疗可以用博来霉素，局部疣体内的封闭，让疣体死亡。对于比较顽固，药物和冷冻治疗不好的，也可以考虑用外科手术把疣体去除掉。国家传统修脚的技术，在保证卫生条件许可下，也可以考虑用于治疗跖疣。