阳痿和早泄是属于两种不同类型的性功能障碍，在治疗上方法不一致，因此所选用的药物也不一样。对于阳痿患者，磷酸二酯酶Ⅴ型抑制剂使用方便、安全、有效，亦被多数患者接受，目前是作为阳痿治疗的首选方法，常用的药物包括西地那非、伐地那非和他达拉非。三种药物药理作用机制相同，口服后有足够的性刺激才能增强勃起功能，对阳痿患者的总体有效率是80%左右。其他的药物，还包括雄激素、中药制剂，以及血管活性药物的注射治疗。
早泄治疗首选的是选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，目前临床上常用的包括达泊西汀、舍曲林、帕罗西汀等。其中达泊西汀是目前第一个，也是唯一一个被批准用于治疗早泄的药物，是一种强效的5-羟色胺再摄取抑制剂，对原发性和继发性的早泄，具有相似的疗效。其他早泄患者可使用的药物为局部麻醉药，包括利多卡因和丙胺卡因的乳膏、霜剂等。