肾囊肿有常染色体显性多囊肾病、常染色体隐性多囊肾病，这两种囊肿性肾病是先天遗传性疾病。此外还有其他囊肿性肾脏病，即单纯肾囊肿、肾髓质囊肿性疾病、囊肿性肾发育不良、获得性囊肿性肾脏病等。
一般双侧多囊肾为遗传性肾囊肿病，而其他的囊肿病则为非遗传性囊肿病，其中有先天形成的囊肿病和后天形成的肾囊肿。如果是遗传性多囊肾，则预后不良，如果是单纯性肾囊肿，则预后好。