尖锐湿疣通常没有症状，一般不会出现疼痛或瘙痒，只有少数的患者会有异物感、疼痛、瘙痒、性交不适、恶臭、出血，或者是明显的情感压抑。当尿道内出现尖锐湿疣，可表现为终末血尿、尿流异常或者是尿道出血。
尖锐湿疣主要好发部位是外生殖器，和肛门周围的皮肤黏膜湿润区域。男性一般发生在龟头、冠状沟、包皮系带、尿道口、阴茎部和会阴，女性一般发生在大小阴唇、阴道口、阴蒂、阴道、宫颈、会阴及肛周，同性恋人群一般发生在肛门或者是直肠内，少数患者还可以发生在肛门生殖器以外的部位。