消化道念珠菌感染的症状和其他的细菌或炎症导致的消化道症状是一样的，主要表现为吞咽困难，食欲不振，食管痉挛，胸骨后烧灼感，甚至可以出现上消化道大出血，另外如果伴有其他脏器的念珠菌还可以出现发热，咳嗽，咳痰，气短，胸闷，鹅口疮，头痛，视力模糊等不同脏器感染的临床表现。大部分常见于艾滋病及恶性肿瘤感染之后的患者。