正常的阴道内有许多病原体积聚而形成阴道正常的菌群，正常的阴道内以产生过氧化氢的乳杆菌占优势，乳杆菌一方面分解糖原，使阴道处于酸性环境。另一方面产生的过氧化氢以及其他的抗微生物因子，可以抑制或杀灭其他细菌，包括厌氧菌，在维持阴道正常菌群平衡中起到关键作用。当阴道与这些菌群之间的平衡被打破，或者外源的病原体侵入的时候，比如出现pH值的改变、体内雌激素水平紊乱或者频繁性交、阴道盥洗等都可以改变pH值，进而影响阴道的微生态，也会导致炎症的发生。
根据感染病原菌的不同以及阴道微生态的特点，应该进行相应的治疗，进行明确病原菌以及明确阴道炎的病因，比如做一个阴道分泌物涂片或者是进行一个阴道微生态检查，明确病原菌以后给予相应的治疗。一般来说阴道炎的治疗有两种方法，一种是全身用药，另一种是局部用药。全身用药包括霉菌的抗真菌感染、细菌性阴道病和滴虫阴道病应用甲硝唑来治疗，局部治疗就是根据不同的致病病原体阴道里上药进行治疗。