腰肌劳损的基本病因包括急性损伤未愈、慢性炎症反应、腰椎先天性畸形和后天损伤。急性损伤未愈主要是腰部出现急性扭伤之后，局部肌肉韧带组织受到损伤，若延误治疗，损伤未能恢复，且呈慢性、反复多次的腰肌轻微损伤也可以造成慢性腰肌劳损。
慢性炎症反应是腰部长期过度负荷，或长期腰部支持不良，使腰部肌肉韧带组织损伤，逐渐形成无菌性炎症，比如搬运工背负过多的重物，过度劳累，以及长期伏案工作、弯腰持续工作时间太长等积累性劳损，导致肌肉韧带出现慢性撕裂，患者会出现炎症反应，表现为腰部疼痛持久难愈。腰部的先天畸形，比如腰椎骶化、骶椎腰化、椎弓根崩裂，后天损伤，比如腰椎骨折脱位、椎肩盘突出、腰椎滑脱，都可以造成肌肉损伤、韧带失衡，从而引起慢性劳损。