小儿伯-韦综合征目前没有特异的治疗方式，主要是对低血糖进行药物控制，避免发生危险。对于畸形严重影响正常器官功能者需要早期进行手术治疗。本病多数患者需要长期持续性治疗。
一、药物治疗
1、葡萄糖：主要用于纠正治疗患儿低血糖症状，通常在低血糖发作时选择10%的葡萄糖静脉注射，可以迅速有效的缓解患者抽搐、晕厥的症状。
2、肾上腺皮质激素：适于葡萄糖治疗无效的低血糖患者，可以使用肾上腺皮质激素，能有效升高患者血糖。但需要在医生监护下使用，避免长期使用，可有内分泌紊乱、脂代谢紊乱、骨质疏松等并发症。
二、手术治疗
1、舌部分切除术：对于舌部巨大影响正常进食和说话的患者，可以早期进行舌部分切除，可以有效缓解舌部症状，恢复部分舌部功能。手术简单，预后较好，一般没有其他后遗症。
2、腹腔整形术：主要是针对脐部膨出严重者，可通过手术对腹腔内突入脐部的器官进行还纳。可有效减小脐部的膨出，以及恢复部分组织的功能。