尿路感染复发的原因有以下几种：首先，由于解剖的因素，女性尿道长约5cm，所以有过性生活的女性，细菌很容易上行造成反复的尿路感染。其次，治疗尿路感染通常需要应用抗生素，长期应用抗生素可造成细菌耐药，也是尿路感染复发及难治的原因，再次，患有有其他疾病也可能导致尿路感染复发，如结石，梗阻等。例如患有感染性结石，因其表面覆盖大量的细菌，可造成尿路感染反复复发。男性患有前列腺炎也是一个重要的造成尿路感染的原因。