尖锐湿疣可以外用咪喹莫特乳膏，或者是鬼臼毒素乳膏。轻症患者可能会消除疣体，但是重症患者大多数还需要联合治疗，可以首选联合物理治疗，物理治疗包括冷冻治疗、激光治疗、微波治疗、电凝治疗、电离子治疗等，这些物理治疗都是通过直接破坏皮损来清除疣体。
皮损范围小时不需要手术治疗，如果皮疹范围大，可能还需要手术治疗，但是手术治疗之后还需要药物配合。手术治疗可能会增加尖锐湿疣扩散的概率，因此患者在手术前应当充分和医生探讨可能的受益和风险，做出最佳选择，手术的成功与尖锐湿疣的数量有一定关系。