急性肾盂肾炎尿培养阴性，仍然需要抗感染治疗，因为急性肾盂肾炎尿细菌学培养阳性率可以达到80%以上，有20%左右的急性肾盂肾炎患者可以出现尿培养阴性，其原因可以是使用了抗生素，而使细菌受到抑制，同时可能是其它特殊细菌的感染，而普通尿培养结果会阴性。
一般情况下，在诊断急性肾盂肾炎后，不论尿培养是否阳性，都需要正规的抗感染治疗7-10天或者14天，直到临床症状消失，尿常规正常，才可以停药。