纤维肌痛症可以出现关节的疼痛，因为纤维肌痛症主要的特点就是全身广泛性的肌肉疼痛和广泛性存在的压痛点，疼痛可以遍布全身各处，尤其是以中轴骨骼包括颈椎胸椎和下背部，以及肩胛带和骨盆处比较常见。
当然也可以累及四肢部，可以出现于膝关节、手部、肘关节、踝关节、足背、腕关节、臀部、大腿和小腿，纤维肌痛症的疼痛性质常为钝痛，疼痛常会惹人心烦，让人难以入睡，影响患者的睡眠质量。