肛门脓肿手术以后多久能好，是和治疗时候患者的状态，以及局部的表现有密切的关系。如果肛周脓肿是局部软组织的表浅感染引起，随着脓肿的切开、抗生素的使用，脓肿大约在10-14天左右便可以出现好转。
但是，如果肛周脓肿和肛瘘有密切的关系，单纯切开脓肿很难将脓肿治愈，只有将肛瘘彻底切开，使新生的肉芽组织由内向外的生成，这样治疗了肛瘘，肛周脓肿才会彻底的消失。在进行肛周脓肿治疗过程中如果患者有严重的基础疾病，比如糖尿病等等，其愈合的时间也会相应的延长。