唇腭裂是怎样造成的也就是唇腭裂的病因是什么，临床上我们把唇腭裂分成两大类，一类是综合征性的唇腭裂，另外一类是非综合征性唇腭裂。综合征性的唇腭裂也就是说患儿除了唇腭裂以外，还有其它脏器的畸形，那么这一类唇腭裂患者都有非常明确的遗传因素。对于非综合征性唇腭裂，也就是单独发生的唇腭裂，它主要受遗传和环境两大方面因素的影响。遗传因素一般很难找到真正发生病变的基因，但是从大的数据上来讲，它的发生符合一定的遗传规律， 比如有唇腭裂发生的家系，他再发唇腭裂的风险就远远高于没有唇腭裂发生的家系。
环境因素会比较复杂，主要是指怀孕期间母体所存在的环境，一个是营养方面的因素，如果孕妇发生营养不平衡会出现唇腭裂，因此在怀孕期要注意补充营养，营养的均衡，补充维生素和微量元素等等。再有胎儿如果出现了缺氧，也可以引起唇腭裂的发生，还有就是感染和损伤的因素，也可以加剧这种先天畸形的发生。
另外就是内分泌因素的影响，如果在怀孕期间孕妇出现各种原因诱发的体内激素分泌的增加，就有可能导致唇腭裂的发生。 还有就是药物因素，有一些药物比如说抗癌、抗癫痫、类固醇类的药物都是有可能致畸的。还有物理因素，如果孕妇频繁接触放射线、微波等等，也可能加剧唇腭裂这类先天畸形的发生率。