发烧脑炎的患者，可以出现头痛、恶心、呕吐，也可以出现躯体症状和体征，主要取决于病变累及的部位，如果是大脑的病变，可以出现一侧肢体感觉障碍、运动功能障碍，也可以出现偏盲或者象限盲。
如果病变累及左侧大脑，同时可能会出现言语功能障碍，包括失语和构音障碍，严重时也可能会出现意识障碍，包括嗜睡、昏睡和昏迷，也可能出现去大脑皮质状态和植物状态。如果是额叶或者颞叶受侵犯时，患者可以表现为癫痫发作，也可能会出现精神症状。
如果病变累及小脑和脑干，可以出现头晕、恶心、呕吐、平衡障碍和共济失调，也可能会出现吞咽困难和饮水呛咳，部分患者可以表现为眼球震颤和复视。