有一些气管炎患者可以自愈，例如病毒性气管炎，可以治愈，或者轻度的细菌、支原体感染，有自身的机体免疫力，有时可以自愈。
当患者确诊为气管炎时，要根据致病微生物的不同及病情轻重不同，采取不同的治疗。病毒性引起，以对症治疗为主，细菌性气管炎轻症者可口服抗生素，重症者可静脉抗生素。
如果患者确诊为支原体、衣原体引起的气管炎，可根据病情使用大环内酯类抗生素或者喹诺酮类抗生素，临床上常用的药物包括红霉素、罗红霉素、阿奇霉素、左氧氟沙星、莫西沙星等。