萎缩性胆囊炎伴胆结石的患者，原则上还是建议尽早手术治疗。临床上很多萎缩性胆囊炎都是胆结石所造成，萎缩性胆囊炎伴胆囊结石，不仅会造成反复发作的胆囊炎，严重影响患者的生活质量，有时候还会造成胆囊化脓、穿孔，甚至坏疽，而引起腹腔的严重感染，特别对老年患者而言，有可能会危及生命。
患萎缩性胆囊炎时，由于胆囊发生了明显的萎缩，其浓缩、储存、排泄、分泌的功能也会受到明显的影响，甚至完全丧失。最严重的是慢性萎缩性胆囊炎，目前认为是一种癌性病变，如果长时间存在，最终有可能会导致胆囊癌而加重病情。