对于包皮龟头炎的治疗，如果包皮龟头炎伴有包茎，或者包皮过长者，待急性炎症控制后需进行包皮环切术。如果伴有尿道外口狭窄者，行狭窄尿道外口的整复手术。
如果没有上述情况，针对疾病因素，选择不同的外用药，或者酌情选用利于消肿生肌的药物。通常使用的药物有，克霉唑软膏、莫匹罗星软膏、红霉素软膏、土霉素软膏、金霉素软膏等抗生素软膏外涂。
另外，也可以用1:5000的高锰酸钾溶液清洗局部，轻柔将包皮上翻，尽量暴露病变处的皮肤黏膜，但要避免发生包皮崁顿，以上述溶液清洗局部并外涂药膏后，再将包皮复位。