椎间孔镜手术是具有一定缺点的：
一、椎间孔镜手术的适应证相对较为狭窄，并不是所有的腰椎间盘突出或者胸椎间盘突出、颈椎间盘突出，都能够做椎间孔镜治疗的。有些侧隐窝狭窄或者椎管狭窄的疾病，虽然患有间盘突出但是却没有办法使用椎间孔镜来治疗。
二、椎间孔镜手术的术中操作是有一定的缺点的，在椎间孔镜治疗的过程中，突出的间盘是不能够有钙化的，而且也不能合并有较为严重的骨质增生引发的神经压迫症状，因为椎间孔镜手术没有办法处理这两种情况。所以总体来说椎间孔镜虽然是一种非常良好的治疗方案，但是也有其相应的缺点。