大三阳的免疫清除期过程主要是因为乙肝大三阳病毒的复制率明显升高，此时有可能会激活体内的免疫清除过程，从而对乙肝病毒造成清除。清除的过程中也会对肝细胞造成损害，会引起肝功能的异常。
绝大部分的免疫清除有可能并不会引起肝功能的明显异常，但如果清除过程中引起了肝功能的异常，此时需要积极给予治疗和保肝处理。某些情况下如果严重，需要加用抗病毒以及对症的处理，以预防肝功能严重不全，出现更严重的并发症。
如果转氨酶持续的异常或乙肝病毒的复制率明显升高，这种情况下也需要给予抗病毒的药物治疗，因为长期反复的肝功能损害容易导致肝纤维化、肝硬化的发生，所以要及早给予抗病毒药物治疗，以预防肝纤维化、肝硬化的发生。